Rekonstruktion von Gen-Interaktionsnetzen durch in vitro RNA Interferenz und globale Expressionsanalyse
Abstract
In dieser Arbeit wurde durch die Kombination von gezielten posttranskriptionellen Genstilllegungen mit Hilfe von sequenzspezifischen siRNAs und anschließender genomweiter Expressionsanalyse mit cDNA Microarrays die Rekonstruktion von Gen-Interaktionsnetzwerken in der ER-positiven Mammakarzinom Zelllinie MCF-7 etabliert. Zunächst wurden die verfügbaren Techniken der RNA Interferenz und der genomweiten Expressionsanalyse grundlegend an die Fragestellung und die Bedingungen der MCF-7 Zelllinie angepasst. Durch die Experimente wurden hochwertige Messdaten für die statistische Auswertung der Messungen zur Erstellung bzw. Rekonstruktion von Netzwerken erstellt. Der "Nested Effects Model" (NEM) Netzwerk Algorithmus konnte durch unterschiedliche Vergleiche (Literaturdaten, Epistaseanalyse und Connectivity Map Datenbank) mehrfach biologisch validiert werden. Durch die Interpretation des transitiv reduzierten, gerichteten Graphen der statistischen Analyse mit dem NEM Algorithmus konnte der bisher nicht beschriebene aktivierende Effekt der CCNG2 Expression auf die Expression von ESR1 dargestellt werden. Die Vergleiche der Expressionsprofile nach Silencing von AKT2 bzw. XBP1 mit den Experimenten der Connectivity Map Datenbank zeigten starke Korrelationen zu Behandlungen von MCF-7 Zellen mit antiestrogenen Substanzen (Fulvestrant und Raloxifen) bzw. PI3K Inhibitoren (Wortmannin und LY294002). Aufgrund dieser Ergebnisse, sowie der Positionierung der beiden Gene oberhalb des…
How strong is the evidence?
Evidence Hub reads this as a thesis, done in cell cultures (in vitro), not in people. Its evidence level is 5 of 5 (Very low · case / narrative / animal / in vitro / in silico). Case reports, narrative reviews, and animal, cell or computer-model studies give the weakest evidence for human health.
Read the paper
Related studies
- A Coupled SYSTEM of Intracellular Ca 2+ Clocks and Surface Membrane Voltage Clocks Controls the Timekeeping Mechanism of the Heart’s Pacemaker
- A Comprehensive Review on the Therapeutic Potential of Curcuma longa Linn. in Relation to its Major Active Constituent Curcumin
- Cancer epigenetics: Moving forward
- Current developments in LC-MS for pharmaceutical analysis
- Myricetin: A comprehensive review on its biological potentials
- A Computational Systems Biology Software Platform for Multiscale Modeling and Simulation: Integrating Whole-Body Physiology, Disease Biology, and Molecular Reaction Networks
Go deeper in Evidence Hub
Evidence Hub adds a study data sheet (design, sample size, evidence level, key numbers), an AI summary and a chat grounded in the paper's text.