KEANEKARAGAMAN DAN KEKERABATAN GENETIK ARTOCARPUS BERDASARKAN PENANDA DNA KLOROPLAS matK & rbcL: KAJIAN IN SILICO
Abstract
Keanekaragaman dan Kekerabatan Genetik Artocarpus Berdasarkan Penanda DNA Kloroplas matK & rbcL: Kajian in Silico. Floribunda 6(5): 195–206. — Artocarpus merupakan genus dari famili Moraceae yang memiliki keanekaragaman spesies tinggi. Namun akibat degradasi dan konversi habitat secara berlebihan, keberadaannya mulai terancam. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keanekaragaman dan kekerabatan genetik Artocarpus secara in silico menggunakan penanda DNA kloroplas (matK dan rbcL). Sebanyak 2 set sekuen matK dan rbcL dari 48 spesies Artocarpus telah dianalisis menggunakan beberapa software, yaitu BLAST, Clustal Omega dan MEGA-X, serta direkonstruksi secara filogenetik menggunakan metode Maximum Likelihood. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Artocarpus menunjukkan keanekaragaman genetik relatif tinggi pada tingkat nukleotida, terutama berdasarkan sekuen rbcL (0.56). Sementara itu, hasil analisis kekerabatan genetik menggunakan metode Maximum Likelihood, diperoleh gambaran bahwa Artocarpus secara umum terpisah menjadi dua (2) grup atau clade utama, baik berdasarkan sekuen matK, rbcL dan gabungan keduanya. Informasi ini diharapkan dapat dimanfaatkan untuk mendukung program pemuliaan dan pelestarian Artocarpus, terutama di Indonesia.
How strong is the evidence?
Evidence Hub reads this as a simulation / modelling, done in computer models (in silico), not in people. Its evidence level is 5 of 5 (Very low · case / narrative / animal / in vitro / in silico). Case reports, narrative reviews, and animal, cell or computer-model studies give the weakest evidence for human health.
Read the paper
Related studies
- eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses
- Online Survival Analysis Software to Assess the Prognostic Value of Biomarkers Using Transcriptomic Data in Non-Small-Cell Lung Cancer
- OptiType: precision HLA typing from next-generation sequencing data
- Nicotinic Cholinergic System and COVID-19: In Silico Identification of an Interaction between SARS-CoV-2 and Nicotinic Receptors with Potential Therapeutic Targeting Implications
- Saccharomyces cerevisiae cells have three Omega class glutathione S-transferases acting as 1-Cys thiol transferases
- Hemolysis at low blood flow rates: in-vitro and in-silico evaluation of a centrifugal blood pump
Go deeper in Evidence Hub
Evidence Hub adds a study data sheet (design, sample size, evidence level, key numbers), an AI summary and a chat grounded in the paper's text.